烘干房对中药材进行烘干时，如果操作不当，确实可能会影响药材的药效。中药材含有多种活性成分，这些成分对温度、湿度等环境因素非常敏感。不当的烘干温度或时间可能会导致药材中的有效成分流失或破坏，从而降低药效。

为了确保中药材在烘干过程中保持其药效，需要严格控制烘干房的温度、湿度和烘干时间。通常，中药材的烘干温度不宜过高，以免破坏热敏感成分。同时，烘干过程应均匀，避免局部过热或烘干不足。湿度的控制也很重要，因为湿度过高可能导致药材发霉，湿度过低则可能导致药材干裂，影响品质。

现代烘干房通常配备有精确的温湿度控制系统，能够根据不同药材的特性设定最佳的烘干参数，以确保药材的品质和药效。此外，一些烘干房还采用低温烘干技术，如真空冷冻干燥技术，可以在较低的温度下迅速去除水分，更好地保留药材中的活性成分。

总的来说，只要烘干操作得当，使用合适的烘干技术和设备，烘干房对中药材的药效影响可以降到最低，甚至能够通过精确控制来提升药材的品质。